3 Tahapan Replikasi DNA
Tahapan replikasi DNA berlangsung dalam tiga tahap proses penting yaitu (1) pengenalan situs awal replikasi, (2) pengudaran pi linan h eliks ganda dan (3) sintesis rantai polinukleotida baru. Secara umum tahapan ini terdapat :
1. Pengenalan situs awal replikasi
Pengenalan ori dilakukan oleh DnaA dengan cara mengenali runtutan basa ori. Suatu DnaA diprod uksi untuk m engenali titik ori dari DNA pada sel yang sama.
2. Pengudaran pilinan heliks ganda
Pada proses pengudaran ini terdapat tiga protein dan enzim yang berperan yaitu enzim helikase, girase dan single strand binding protein (SSB). Helikase adalah kelompok protein yang berfungsi mengudar pilinan heliks ganda dengan cara menghilangkan ikatan hydrogen dan memisahkan utasan-utasannya menjadi utas tunggal. Sebagai contoh kerja helikase, protein menempel pada wilayah utas tunggak kemudian bergerak dengan arah 3--5 menuju bagian utas ganda dan membebaskan utasan-utasan dan pilinan heliks. Selanjutnya utasan tunggal yang telah terbebaskan akan ditempeli SSB. Girase merupakan topoisomerase tipe II yang berfungsi menghilangkan tegangan pada superheliks positif dengan cara membuka pilinan ke arah negative struktur superheliks positif. SSB berfungsi un uk melindungi utas tungal DNA dari kemungkinan berpasangan kembali dengan utas pasangannya membentuk heliks ganda. Selain itu juga melindungi DNA utas tunggal dari serangan berbagai nuklease dan dapat menghalangi terjadinya transkripsi.
3. Sintesis utasan baru DNA
Dalam pros es ini terjadi penggabunga n m ononukleotida menjadi rantai polinukleotida dengan urutan basa te rtentu. Enzim yang berperan dalam proses ini adalah polymerase RN A, polymerase DNA dan ligase. Tahapan proses sintesis ini adalah (i ) inis asi oleh Polimerase RNA, (ii) perpanjangan rantai oleh Polim erase DNA dan (iii) penyatuan fragm en DNA oleh Ligase.
(i) inisiasi oleh Polime rase RNA.
Dalam mengawali sintesis DNA di bentuk RNA primer yang terdiri dari beberapa basa yang akan menjadi tempat polymerase DNA mengaitkan nukleotida DNA pertama. Dua enzim yang mensintesis RNA primer yaitu poly merase RNA dan primase. Polim erase bekerja mensintesis RNA primer pada situs ori C sedangkan prim ase mengkatalisis RNA primer yang terdapat di depa n setiap fragmen Okazaki.
(ii) perpanjangan rantai oleh Polimerase DNA
Enzim polymerase DNA membentuk ikatan fosfodieste r yang merangkaikan C ke-5 dari suatu nukleotida terhadap C ke-3 dari nukleotida yang baru. Setiap nukleotida baru ditambahkan pada ujung ke-3 rantai nukleotida yang sudah ada atau pertum buhan 5--3. Polimerase DNA dalam proses kerjanya memerlukan adanya satu DNA utas tunggal yang akan menjadi model untuk menentukan urutan basa dari rantai nukleotida yang akan disintesisnya.
(iii) penyatuan fragmen DNA oleh Ligase.
Enzim ligase berfungsi menyambungkan dua fragm en rantai polinukleotida m e njadi rantai yang lebih panjang. Dalam replikasi, ligase berperan m enyambungkan dua fragm en Okazaki setelah RNA primer di buang oleh polymerase RNA I.